De Gezondheidsraad bestaat uit een raad en een secretariaat. De raad bestaat uit de voorzitter, de vicevoorzitter, de beraadsgroep, de vaste commissies en de tijdelijke commissies. Leden van de vaste commissies en van de beraadsgroep zijn lid van de Gezondheidsraad. Leden van tijdelijke commissies niet.
Het secretariaat staat onder leiding van de algemeen secretaris en bestaat uit de Wetenschappelijke staf - aangestuurd door twee hoofden -, de afdeling Bedrijfsvoering en de afdeling Communicatie en redactie. Het hoofd Bedrijfsvoering is tevens waarnemend hoofd Communicatie en redactie.
De Presidiumcommissie bestaat uit de voorzitter en de vicevoorzitter van de raad, de voorzitters van de beraadsgroep, alle voorzitters van de vaste commissies en de algemeen secretaris.
