De Gezondheidsraad adviseert het ministerie van VWS regelmatig in het kader van het Rijksvaccinatieprogramma. De Commissie Vaccinaties hanteert daarbij criteria die staan beschreven in het beoordelingskader voor vaccinaties. Voor deze brede advisering werkt de Gezondheidsraad samen met het College ter Beoordeling van Geneesmiddelen, Zorginstituut Nederland en het RIVM.
Sinds het begin van de COVID-19-pandemie zijn ook een groot aantal (spoed)adviezen over vaccinatie tegen COVID-19 gepubliceerd. Vraagstukken die nog geadresseerd worden zijn onder meer het structureel opnemen van vaccinatie tegen COVID-19 in het vaccinatieprogramma, het ontstaan van virusmutanten en van resistentie van het virus tegen vaccins, en de inzet van nieuwe vaccins.
