De Gezondheidsraad adviseert het ministerie van VWS regelmatig in het kader van het Rijksvaccinatieprogramma. De Commissie Vaccinaties hanteert daarbij criteria die staan beschreven in het beoordelingskader voor vaccinaties. Voor deze brede advisering werkt de Gezondheidsraad samen met het College ter Beoordeling van Geneesmiddelen, Zorginstituut Nederland en het RIVM.
Tijdens de COVID-19-pandemie, in de periode 2020 tot en met 2023, heeft de Gezondheidsraad een groot aantal (spoed)adviezen over vaccinatie tegen COVID-19 gepubliceerd. In 2023 verscheen het advies over het structureel opnemen van vaccinatie tegen COVID-19 in het vaccinatieprogramma. Vraagstukken die nog geadresseerd worden zijn onder meer het ontstaan van virusmutanten en van resistentie van het virus tegen vaccins, en de inzet van nieuwe vaccins.
