Van de commissieleden, waarnemers en geraadpleegde deskundigen wordt verwacht dat zij het vertrouwelijke karakter van het commissieproces respecteren. Mededelingen namens en over de commissie worden uitsluitend gedaan door de (vice)voorzitter of persvoorlichter van de Gezondheidsraad.
In de vergaderingen van de Gezondheidsraad moet vrijelijk gediscussieerd kunnen worden. De beraadslagingen van de commissie zijn daarom niet openbaar. Stukken over het werk van een commissie zijn dat wel.
De werkzaamheden van de Gezondheidsraad vallen onder de Wet open overheid (Woo). Dat betekent dat informatie, waaronder schriftelijke stukken en e-mails, over het werk van een commissie met een beroep op de Woo kan worden opgevraagd, tenzij het nog in bewerking is. Alles wat valt onder zogeheten ‘intern ambtelijk beraad’, dat wil zeggen tot de persoon herleidbare opvattingen, is uitgezonderd. Daarom geldt voor verslagen van commissievergaderingen: de integrale verslagen zijn vertrouwelijk. De samenvatting die de wetenschappelijk secretaris maakt van de verslagen, zonder tot personen herleidbare opvattingen, kan wel opgevraagd en beschikbaar gesteld worden.
Alle stukken die niet vertrouwelijk zijn, worden gearchiveerd. Na overbrenging van stukken naar het Nationaal Archief – nu nog na twintig jaar en wanneer de nieuwe Archiefwet van kracht wordt mogelijk na tien jaar – worden alle gearchiveerde documenten in principe openbaar.