Binnen het adviesdomein zorg adviseert de Gezondheidsraad over relevante wetenschappelijke ontwikkelingen rond de toegankelijkheid, kwaliteit, veiligheid en doelmatigheid van medische zorg. Ook adviseert de raad over specifieke aandoeningen en behandelingen die medisch-technisch of maatschappelijk controversieel zijn en waarvoor onafhankelijke advisering nodig is vanuit verschillende invalshoeken (medisch-wetenschappelijk, ethisch en juridisch).
Specifiek voor het signaleren van ethische vraagstukken over gezondheidszorg vormen de Gezondheidsraad en de Raad voor Volksgezondheid & Samenleving (RVS) samen het Centrum voor Ethiek en Gezondheid (CEG). Het CEG heeft zijn eigen werkprogramma.