Elk jaar stelt de Gezondheidsraad een werkprogramma op met daarin een overzicht van de vraagstukken die in het komende kalenderjaar onderwerp van advisering zullen zijn. Dit betekent overigens niet dat over deze onderwerpen in het programmajaar ook altijd een advies zal verschijnen. De onderwerpen zijn gerangschikt naar de aandachtsgebieden van de raad. De plannen in het werkprogramma kunnen in de loop van het jaar nog wel eens veranderen, bijvoorbeeld wanneer bewindslieden nieuwe prioriteiten stellen.

Procedure

Het werkprogramma wordt opgesteld na overleg met diverse departementen en na raadpleging van groeperingen binnen de Gezondheidsraad. De minister van Volksgezondheid, Welzijn en Sport stelt het werkprogramma vervolgens vast, en zendt het op de derde dinsdag van september aan de Staten-​Generaal. Deze procedure is vastgelegd in de Kaderwet Adviescolleges.

Financiering en opdrachtgevers

De kosten van de Gezondheidsraad worden volledig door de rijksoverheid gedragen. De Gezondheidsraad ontvangt een budget dat bestaat uit bijdragen van het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport, het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat, het ministerie van Economische Zaken en Klimaat, het ministerie van Sociale Zaken en Werkgelegenheid en incidenteel van andere ministeries.

Als opdrachtgever(s) ziet de raad de ministers van voornoemde departementen. Hiernaast kan ook het parlement een adviesaanvraag indienen bij de raad.