De Gezondheidsraad wordt geleid door een voorzitter en een vicevoorzitter. De raad telt ongeveer 130 leden, afkomstig uit alle delen van het land en uit verschillende disciplines. Met elkaar bestrijken zij de zes aandachtsgebieden van de raad: optimale gezondheidszorg, preventie, gezonde voeding, gezonde leefomgeving, gezonde arbeidsomstandigheden en innovatie en kennisinfrastructuur.

Verder is er de Presidiumcommissie. Deze commissie houdt zich bezig met de meer bestuurlijke kant van de Gezondheidsraad. Ze bestaat uit voorzitter en vicevoorzitter van de raad, de vicevoorzitters van de beide beraadsgroepen, de voorzitters van de vaste commissies en de algemeen secretaris.

Elk advies van de Gezondheidsraad wordt door ten minste één beraadsgroep getoetst voordat het gepubliceerd wordt.

De Gezondheidsraad komt nooit plenair bijeen. Raadsleden maken deel uit van commissies die speciaal voor de beantwoording van adviesvragen worden samengesteld, en die ook worden aangevuld met niet-leden. Naast deze ad hoc-commissies zijn er vaste commissies die verantwoordelijk zijn voor de advisering over geregeld terugkerende thema’s.

Tot slot is er nog jongGR, een netwerk van jonge wetenschappers.