De geschiedenis van de Gezondheidsraad gaat terug tot 1902. In dat jaar werd krachtens de eerste Gezondheidswet (1901) de Centrale Gezondheidsraad ingesteld.

De eerste Gezondheidswet regelde de instelling van een Staatstoezicht op de Volksgezondheid, dat inspecties uitvoerde. De Centrale Gezondheidsraad moest hieraan leiding geven. Die raad, bestaande uit de hoofdinspecteurs van het Staatstoezicht en particuliere deskundigen, kreeg daarnaast de taak de regering van advies te dienen.

In de daarop volgende jaren bleek dat de dubbele taak – besturen én adviseren – voor problemen zorgde. De Centrale Gezondheidsraad adviseerde adequaat, maar faalde als bestuursorgaan. In 1919 bracht de tweede Gezondheidswet verandering: de regering nam zelf de leiding van het Staatstoezicht in handen en de Centrale Gezondheidsraad zou voortaan alleen nog advies uitbrengen. Vanaf dat moment bestond deze uit wetenschappers en vertegenwoordigers van maatschappelijke en beroepsorganisaties. De naam werd kortweg Gezondheidsraad. De adviezen aan de regering konden zowel maatschappelijke als wetenschappelijke vraagstukken betreffen.

Allengs begon de Gezondheidsraad zich echter steeds meer als wetenschappelijk adviescollege te profileren: de belangenvertegenwoordigers in de raad kwamen in toenemende mate buitenspel te staan. Kort na de Tweede Wereldoorlog leidde dit tot de instelling van de Centrale Commissie voor de Volksgezondheid – tegenwoordig de Raad voor Volksgezondheid en Samenleving – als maatschappelijk college van advies voor de regering. Tien jaar later kreeg de Gezondheidsraad formeel erkenning als wetenschappelijk adviesorgaan.

In 1997 vond een ingrijpende herziening plaats van het stelsel van adviescolleges van de Nederlandse regering. Het aantal adviesorganen werd drastisch verkleind. Een herziening van de Gezondheidswet betekende bevestiging én versterking van de positie van de Gezondheidsraad als wetenschappelijk adviescollege in het overheidsbestel. De Gezondheidsraad kreeg de taak om niet alleen de regering maar ook het parlement voor te lichten over de stand van de wetenschap op het gebied van de volksgezondheid. Dit werkterrein omvat van oudsher ook onderwerpen als voeding, milieubescherming en arbeidshygiëne en sinds enkele jaren beoordeling van vergunningaanvragen voor geneeskundig bevolkingsonderzoek.

Een volgend markant moment was het honderdjarig bestaan van de Gezondheidsraad in 2002. Ter gelegenheid daarvan verscheen het boek Paradox van wetenschappelijk gezag, waarin de doorwerking van adviezen van de raad onder de loep werd genomen. Een laatste verbreding van het werkterrein vond plaats in 2008, toen de Raad voor Gezondheidsonderzoek en de Gezondheidsraad werden samengevoegd. Sindsdien heeft de raad als wettelijke taak regering en parlement te adviseren op het gebied van de volksgezondheid en het gezondheids(zorg)onderzoek.