Jaarlijks brengt de Gezondheidsraad een werkprogramma uit waarin staat beschreven aan welke adviesonderwerpen het komende jaar wordt gewerkt. In de meeste gevallen gaat om adviezen die gevraagd zijn door de opdrachtgevers van de raad, de ministeries van VWS, IenM, SZW en EZ, en de Tweede Kamer, maar de Gezondheidsraad adviseert ook eigener beweging, in de vorm van signalementen. In het Werkprogramma 2018 is extra ruimte gelaten met het oog op de aanstaande kabinetswisseling.